肝门区出现3.5公分的肿瘤，处理方式需要根据患者的具体病情来决定。通常情况下，可以考虑手术切除、放疗、化疗等治疗方法。每种方法的选择都需要根据病情的严重程度、患者的身体状况以及肿瘤的具体特征来综合判断。

1、手术切除：如果患者的肿瘤相对较小且病情较轻，并且没有严重的症状影响日常生活，手术切除可能是一个有效的选择。通过手术可以直接切除病灶，达到治愈的可能性。不过，手术的可行性还需要考虑肿瘤的位置、患者的身体状况以及手术风险等因素。

2、放疗：对于病情较为严重且出现明显不适症状的患者，比如腹部疼痛或恶心呕吐，放疗可以作为一种辅助治疗手段。放疗通过高能射线来抑制癌细胞的扩散和转移，有助于控制病情发展。放疗需要在专业医生的指导下进行，以确保疗效和安全性。

3、化疗：如果肿瘤已经发生远处转移，化疗可能是必要的选择。化疗药物如紫杉醇和顺铂等可以在一定程度上杀死体内的癌细胞，控制疾病的进展。化疗通常伴随一些副作用，需要在医生的密切监测下进行。

靶向治疗和免疫治疗也是当前肿瘤治疗中的重要手段。靶向治疗通过针对特定的癌细胞特征进行精准攻击，而免疫治疗则通过增强人体自身的免疫系统来对抗癌症。这些方法需要根据患者的具体情况和基因特征来决定。

无论选择哪种治疗方式，及时就医并在专业医生的指导下进行规范治疗是非常重要的。患者和家属应积极配合医生的治疗计划，同时关注患者的心理健康，以帮助他们更好地面对治疗过程。合理的饮食、适度的运动和良好的心态也是战胜疾病的重要因素。