畸形精子在三个月内是否会消失，主要取决于其成因。如果是由不良生活习惯或环境因素等非疾病因素引起的，通常经过适当调整，精子质量可能在三个月内逐渐恢复正常。但如果是由于如精索静脉曲张、睾丸炎或附睾炎等疾病因素导致的，畸形精子可能不会在短时间内自行消失。

1、会消失的情况：

不良生活习惯：长期吸烟、酗酒或熬夜等不良习惯会导致体内雄激素水平下降，影响精子质量。通过改善生活方式，戒烟戒酒，规律作息，通常在三个月内精子质量可恢复。

环境因素：长时间暴露在高温环境或接触有毒物质（如铅、汞）可能提高精子畸形率。远离这些环境后，精子质量通常也能在三个月内改善。

2、不会消失的情况：

精索静脉曲张：这种情况会导致睾丸温度升高，抑制生精能力，影响血液循环，导致毒性代谢产物积累。通常需要手术治疗，短期内畸形精子不会自行消失。

睾丸炎：炎症会损伤生精细胞，减少雄激素分泌，影响精子质量。需要在医生指导下使用药物如盐酸左氧氟沙星或头孢克肟进行治疗。

附睾炎：这种感染性疾病会导致附睾肿胀、疼痛，并影响生精功能。治疗通常需要服用阿莫西林或青霉素V钾片等药物。

要改善精子质量，男性应保持良好的生活习惯，避免过度劳累和熬夜，注意饮食清淡，避免辛辣刺激性食物。这些措施不仅有助于提高精子质量，也对整体健康有益。