颅内病毒感染和细菌感染的区别在于它们的病因、症状表现以及治疗方法。病毒感染通常由肠道病毒、单纯疱疹病毒等引起，而细菌感染则涉及肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等病原体。