自闭症患者摇头可能是由于脑部功能发育不完善、注意缺陷多动障碍、强迫行为、癫痫等因素导致，建议患者明确诊断后，在医生指导下进行针对性治疗。

1、脑部功能发育不完善：自闭症是一种较为严重的精神障碍疾病，患者通常会出现社会交往障碍、语言发育迟缓、动作行为刻板等临床表现。如果脑部功能发育不完善，可能会出现摇头的症状，但并不是由于自闭症引起，而是由于大脑皮层受到损伤导致。随着患者年龄增长，脑部功能会逐渐完善，症状也会逐渐消失;

2、注意缺陷多动障碍：注意缺陷多动障碍又称多动症，是一种起病于儿童期的常见神经发育障碍，多动症患者由于注意力不集中，可能会出现摇头的症状，并且平时也无法集中注意力，还可能会出现情绪冲动、任性、易激惹等症状;

3、强迫行为：强迫症患者主要表现为强迫观念、强迫行为，这些强迫行为可能会使患者出现反复、强迫自己做事情的想法，也可能会出现一些过分的冲动行为，使患者感觉到痛苦，甚至会出现摇头的表现;

4、癫痫：癫痫是由于脑部神经元异常放电而导致的慢性脑功能障碍性疾病，癫痫患者发作时，可能会引起四肢抽搐、肢体僵硬等症状，从而可能会使患者出现摇头的症状。

除上述情况外，也可能是由于抽动症、颅内肿瘤等疾病导致，抽动症患者主要表现为不自主、突然的多部位肌肉抽动，可出现清嗓子、眨眼睛等症状，而颅内肿瘤是由于颅内细胞出现异常增生而导致的一种肿瘤疾病，颅内肿瘤可能会压迫到脑部神经以及血管，使大脑缺血、缺氧，也可能会引起上述症状。